Además, desde el año 2018 el club también cuenta con representación en LaLiga GENUINE Santander, en concreto con su equipo U.D. De esta forma se consolidó para la última fecha de los cuadrangulares como el único equipo del grupo que depende de sus mismos resultados para clasificar a la final. Con la dificultad adicional de estar disputando simultáneamente la semifinal de la Copa Sudamericana 2012, Millonarios llegó a la primera posición en el grupo A de los cuadrangulares después de derrotar al Deportes Tolima como local y como visitante y al Deportivo Pasto como local.
