Independiente comenzó la Copa Sudamericana 2017 eliminando en fases iniciales a Alianza Lima y Deportes Iquique, teniendo como estandarte a Emiliano Rigoni, que optó por ser transferido al Zenit St. De regreso a la máxima categoría Independiente obtuvo una buena cuarta posición en el Torneo Transición 2014 con Jorge Almirón como director técnico, que lo clasificó a la Copa Sudamericana 2015. Teniendo aún un equipo en formación, el equipo alcanzó los cuartos de final cayendo ante Independiente Santa Fe, equipaciones futbol baratas que terminó saliendo campeón del torneo sudamericano.
