Durante la pretemporada 1995-96 el equipo está a punto de desaparecer debido a los problemas económicos, pero gracias a un grupo de cadistas encabezados por Antonio Muñoz Vera y Manuel García Fernández, la entidad vuelve a manos gaditanas. En la campaña 1998-99, ya con el club en manos de ADA, Antonio Muñoz continua como presidente y ante los malos resultados de inicio de campeonato se ve obligado a dimitir, camisetas de futbol baratas ocupando el cargo el consejero del socio mayoritario Rafael Mateo Alcántara. El máximo logro de la Selección Colombia en toda su historia se obtendría bajo la dirección de Francisco Maturana con el campeonato de la Copa América 2001 celebrada en Colombia. Colombia se ubicó en el Grupo C junto a las selecciones de Argentina, Paraguay y Estados Unidos. Colombia llegaba como la vigente campeona continental después de conquistar el campeonato en 2001. La selección nacional, dirigida entonces por el técnico Reinaldo Rueda fue emparejada en el Grupo A junto al anfitrión Perú, Bolivia y Venezuela.
Debido a la creación de las confederaciones se comenzaron a disputar los primeros campeonatos internacionales a nivel de clubes, siendo la primera de su tipo la Campeonato Sudamericano de Campeones, que reunió a siete equipos de Sudamérica. Se ficha al prometedor centrocampista hispanoguineano Benjamín Zarandona que apenas contaría con minutos en las alineaciones de Víctor Espárrago desapareciendo de estas en febrero, pese a un buen inicio de campeonato, finalmente los malos resultados son eco en la entidad gaditana finalizando la campaña propinándole una manita al Málaga Club de Fútbol (equipo que acabaría vigésimo en la tabla) por un 5-0 en el Carranza pero esto no libraría al Cádiz de regresar a Segunda siendo décimonovenos en la tabla con 8 victorias, 12 empates y 18 derrotas. Para esta temporada destacó la contratación del delantero internacional Diego Tristán o como el delantero nigeriano Ogbeche, tras un comienzo irregular de temporada a mediados de la temporada, el entrenador fue sustituido por Víctor Espárrago para eludir el descenso de 2ªB pero tras una patética temporada el equipo no logra la permanencia. El Cádiz bajo las órdenes del uruguayo Víctor Espárrago consigue en la temporada 2004-05 el ascenso a Primera División, el cual se consuma en Chapín, ante el Xerez CD, al cual vencen los amarillos por 0-2, con tantos de Oli y Abraham Paz de penalti.
Una familiar de Miguel Quiroga, el piloto del avión, dijo: «Sentimos el dolor de las 71 familias que iban a cargo de Miguel, sabiendo la responsabilidad que él sintió. Él y Manolo Hierro descubrieron el talento del hermano del segundo, Fernando Hierro, que militaba en el Vélez C. F. Gracias a los buenos frutos que salían de la cantera, el Valladolid inició una etapa de traspasos millonarios, como los de Eusebio y Juan Carlos, mientras se asentaban jugadores como Manolo Hierro y Ravnić. Esta vez, el periplo del Cádiz por la Segunda B solo duró una temporada, 2008-09. El equipo bajo la dirección de un joven técnico, Javi Gracia, se clasificó como campeón de su grupo para disputar el play-off de ascenso a segunda división. El partido de vuelta en el Stadium Gal, acabó con empate a cero, haciendo suficiente la renta del equipo gaditano en el partido de ida, por lo que se conseguía así retornar a segunda división.
Posteriormente se convirtió en el primer campeón absoluto de Segunda División B, al superar al FC Cartagena en la final a doble partido por el título, victoria 1-2 en Cartagena y empate a uno en Carranza. Al término de la primera fase, en la que la selección colombiana cayó eliminada del torneo tras perder en el decisivo partido frente a la selección estadounidense por 2-1 merced a un autogol de Andrés Escobar. El Club Deportivo Toluca debutó el 29 de septiembre de 1968 derrotando al New York Greek-American 4 a 1 y 3 a 2 en el partido de vuelta celebrado el 6 de octubre, sin embargo, el torneo no culminó exitosamente tras las descalificaciones del Aurora FC y el SV Transvaal por lo que el Club Deportivo Toluca fue declarado campeón. La ciudad se echó a la calle y en la fuente de las Puertas de Tierra los cadistas se bañaron para festejarlo.