Tras la era Irureta, entrenador del «Euro Dépor», el club coincidiendo con la celebración de su centenario en 2006, comprar camisetas de futbol baratas entra en una etapa de transición caracterizada por una grave crisis económica y las deudas. Tras dos temporadas de transición bajo las órdenes de Joaquín Caparrós, llega al banquillo Miguel Ángel Lotina, camisetas de futbol con el que se logra en la Copa Intertoto la clasificación para jugar por quinta vez la Copa UEFA y se inicia un nuevo proyecto de reestructuración deportiva que pasó necesariamente por la mejora de la cantera (más de 15 canteranos se han estrenado en partidos bajo su mandato).
