En la reclasificación del año Millonarios quedaría quinto así jugaría la Copa Sudamericana 2007. Con la dirección de Juan Carlos Osorio en el Apertura 2007 luego de una buena campaña Millonarios clasifica en cuarto lugar y entra a semifinales donde lucha hasta el último partido del grupo donde cae frente al Atlético Huila que le quita el pase a la final. La temporada 2006 llega Miguel «Nano» Prince como entrenador, en el Apertura el equipo es sexto y clasifica a semifinales en el grupo de Cúcuta Deportivo, Deportvo Pasto y Atlético Nacional pero al cerrar las fechas terminaría último del grupo.
