Si bien en el primer semestre tuvo buenas actuaciones en la Copa Libertadores llegando a octavos de final, en el torneo nacional fue vencido en el Torneo de Apertura 2005 nuevamente por la Unión Española mediante definición a penales, equipaciones futbol baratas en la ronda de cuartos de final. En tanto, en el Torneo de Clausura 2006, luego de una mala campaña, Universidad de Chile fue eliminada en cuartos de final por Cobreloa.
