Si bien en el primer semestre tuvo buenas actuaciones en la Copa Libertadores llegando a octavos de final, en el torneo nacional fue vencido en el Torneo de Apertura 2005 nuevamente por la Unión Española mediante definición a penales, camisetas de futbol 2022 en la ronda de cuartos de final. No obstante, en 2004, con Héctor Pinto como entrenador, Universidad de Chile se tituló campeón del Torneo de Apertura 2004, luego de enfrentar en la final a Cobreloa: empataron 0-0 en Santiago y 1-1 en Calama, lo que obligó a una definición a penales, en la cual la «U» se impuso por 4-2. En el plantel resaltaron Johnny Herrera, Diego Rivarola, Sergio Gioino, Manuel Ibarra, Manuel Iturra, Arnaldo Espínola, Víctor Cancino, Miguel Pinto, Héctor Santibáñez, Nelson Pinto, entre otros.
