La temporada 2006 llega Miguel «Nano» Prince como entrenador, en el Apertura el equipo es sexto y clasifica a semifinales en el grupo de Cúcuta Deportivo, Deportvo Pasto y Atlético Nacional pero al cerrar las fechas terminaría último del grupo. Copa del Rey llegó hasta los octavos de final. La salvación le valió a Lillo la renovación para la sesión 1998-99, en la que apenas se acometieron fichajes, y tras malos resultados, camisetas de futbol a finales de diciembre le sustituyó Carlos Aimar.
