En 2019, Independiente finaliza el campeonato penúltimo en zona de Play Out, donde tuvo que enfrentarse con Villa La Ñata. En 2001 se inscribe en la Primera B donde compite hasta 2004, temporada en la que gana el Torneo Reducido y obtiene el segundo ascenso a Primera División. El último torneo departamental (1946) no terminó, Millonarios marchaba primero con 3 puntos de ventaja sobre Santa Fe, donde comprar camsietas de futbol a cuatro fechas del final.
