Posteriormente el equipo fue eliminado en fase de grupos (por diferencia de gol) y obtuvo muy malos resultados en el torneo nacional (incluyendo una derrota en el superclásico contra Colo-Colo), finalizando en la 12° posición, equipaciones de futbol baratas donde eso sí sobresalió una considerable victoria 3-0 de visita en el Clásico universitario ante Universidad Católica. Pese a ello, Darío Franco fue muy criticado en gran parte de su proceso como técnico en el club, y fue destituido oficialmente el 11 de julio de 2013. Al día siguiente fue presentado Marco Antonio Figueroa como nuevo entrenador de Universidad de Chile, con el cual pese a no conseguirse el Torneo de Apertura 2013 (quedó ubicado en el 4° lugar), se logró la clasificación a la Copa Libertadores 2014 tras ganar la Liguilla Pre-Libertadores.
