A nivel continental, ha disputado cinco ediciones de la Copa de la UEFA, una de la Recopa de Europa y cinco de la Liga de Campeones, consecutivamente entre 2000 y 2005, alcanzando las semifinales en 2004 y siendo el sexto club español con más participaciones en la competición y el cuarto con más participaciones consecutivas. Fundado el 9 de mayo de 2018, es el encargado de representar a Millonarios en la Liga Profesional Femenina de Fútbol de Colombia.
