El equipo disputó 22 partidos de los cuales ganó 14, empató 7 y solo sufrió una derrota a manos del Club de Fútbol Monterrey, quien curiosamente culminó la temporada como último general. Para la siguiente temporada la suerte de Toluca no mejoró y finalmente Naime dejó la presidencia en manos de Jesús Fernández y paralelamente Jorge Marí fue reemplazado por José Antonio Roca en la dirección técnica del conjunto escarlata. Para la temporada 1954-55, el Deportivo Toluca culminó como sexto lugar en la Tabla general y como consecuencia se decidió contratar a Fernando Marcos González en la dirección técnica y a Gonzalo Iturbe, Gabriel Uñate, Jesús Segovia y el portero Manuel Camacho como refuerzos para la campaña en la cual el cuadro rojo finalizó como cuarto lugar general. Para los torneos de Prode 85 y México 86, Fernando Corona Álvarez regresó por segunda ocasión a la presidencia del equipo y como técnico Eduardo Ramos Escobedo, sin embargo los resultados no mejoraron tanto el Álvarez como Escobedo fueron reemplazados en la campaña de 1986-87 por Germán Sánchez Fabela y Arpad Fekete respectivamente; la nueva directiva logró las incorporaciones de Wilson Graniolatti y Toluca terminó en el 13° lugar general. En la tercera y última campaña del Deportivo Toluca en la Segunda División; el señor David Albiter presenta su renuncia ante la directiva y es sustituido por Tomás Fábregas.
Los diablos rojos de Toluca debutaron oficialmente el 18 de febrero de 1951 en la recién formada Segunda División; teniendo como sede oficial la cancha del «Tívoli» y como director técnico a Rodolfo «Bush» Muñoz y David Albiter como su asistente. Los años posteriores no mostraron mejoría ubicándose siempre en la parte baja de la tabla, marcando también el alejamiento de los jugadores campeones, apareciendo de manera positiva la figura de Guillermo Muñoz quien sería el primer jugador en ser traspasado directamente a Europa a mediados de 1973 y en el siguiente año conseguiría la final de la Copa Chile 1974 la cual perdería frente a Colo-Colo. En el partido destacan jugadores como Rodolfo Muñoz, Goldoni y Hutt. En 1936 llegó a la presidencia Fernando Torres y el equipo retuvo el título de Campeón Nacional Amateur con jugadores como Horacio Garduño, Manuel Esquivel, Eustolio Enríquez, Aníbal Espinoza, Alfonso García, Manuel Estana, Guillermo Estrada, Ricardo Barraza, Héctor Barraza, Pascual Valdés, Rodolfo Guadarrama, equipaciones futbol baratas Vicente Quintana y Aurelio Moreno. Estando por finalizar la época de los 80s la directiva nombró a Kurt Visetti Vogelbach como presidente de la institución en la temporada 87-88 y a Roberto Matosas como director técnico, camisetas futbol así como a Ricardo Ferretti ; el cuadro mexiquense culminó la temporada en noveno lugar general.
El Club Deportivo Toluca obtuvo finalmente su ascenso luego de 36 años de su fundación, sin embargo el haber logrado el ascenso traía como consecuencia el incremento de gastos para la directiva debido a que las exigencias de la Federación Mexicana aumentaban y también las cuestiones deportivas que exigía reforzar al equipo para poder lograr una digna campaña en la primera nacional. La directiva del Deportivo Toluca comenzó a llenar los requisitos impuestos por la Liga Mayor, sin embargo la consolidación de la Segunda División Mexicana, demoraría tres años más a causa de la fusión de la Liga Mayor y la Federación Mexicana de Fútbol, que tuvo lugar entre 1948 y 1950. El último cuadro del Deportivo Toluca en el Torneo de Reservas celebrado en el Estadio de la Ciudad de los Deportes, estuvo integrado por Porfirio Peña, Edid Isaac, Ricardo Barreto, Santiago Ramírez, Juan Moya, Miguel Vélez, José Luis Zavalla, Alfredo Becerril, Francisco García, Álvaro Pineda y Felipe Galindo. El campeonato estuvo integrado por doce equipos; el Deportivo Toluca, San Sebastián de León, Moctezuma de Orizaba, Atlético de Veracruz, Deportivo Zamora, La Concepción de la Ciudad de Puebla, Veracruz, Irapuato, Morelia, Veracruz, Querétaro, Estrella Roja y Monterrey.
Con la unificación del fútbol mexicano, se aceleró la creación de la Segunda División Mexicana, fundada por el Deportivo Toluca Fútbol Club, el Club Deportivo Zamora, el Pachuca Club de Fútbol, el Monarcas Morelia, el Club Deportivo Irapuato, el Querétaro Fútbol Club y el Club Atlético Zacatepec; siendo los equipos fundadores de la nueva división. Para 1931 y tras haber logrado un merecido tercer lugar en el campeonato de la Federación Central; el Deportivo Toluca regresó a los campeonatos estatales; llegando con la aureola de haber disputado un torneo con los tres equipos más destacados del Distrito Federal. El segundo título para la institución y primero en la liga, llegaría en la Temporada 1966-1967. El torneo fue muy reñido y cobró importancia cuando la disputa por el título quedó entre el Club América y el Deportivo Toluca; ambos equipos se enfrentaron en la jornada 27, prevaleciendo un empate a 0 que no permitió definir el título; sin embargo, estando en la última jornada del torneo, el Club América empató su partido ante el Nuevo León, mientras que el Club Deportivo Toluca se impuso al Necaxa 2 goles a cero, ambos marcados por Juan «el maestrito» Dosal, conquistando así su primer campeonato de título, bajo la dirección de Ignacio Trelles.